(1) 홍살문
2개의 둥근 기둥 위에 지붕 없는 붉은 살을 열 지어 박아세웠고 가운데는 태극문양이 그려져 있으며 이는 신성한 곳에 진입함에 경건하고 참된 마음으로 출입하라는 뜻이다.
(2) 정문
홍살문 다음 계단을 오르면 나타나는 첫 출입문이다. 삼문구조인데 양편의 협문은 출입구이고 가운데 문은 신문神門이라 하여 제삿날에 열어 신을 맞아들인다.
(3) 강한루江漢樓
제172대 통제사 이승권李升權(이충무공 8세손)이 1840년에 지은 누각이며 전형적 조선의 팔작지붕 양식으로 정면 세 칸, 측면 두 칸의 익공식 이층 구조에 아래층 뒤편에는 통용문인 ｢영모문永慕門｣ 현판이 걸려있다. 강한루는 1913년 큰 비로 인해 무너졌으나 1988년에 정면 세 칸, 측면 세 칸으로 다시 복원하였다.
(4) 외삼문外三門
삼문 가운데 바깥에 있는 삼문으로 앞에는 강한루가 있다. 외삼문은 좌·우의 비각과 잘 어울려 조선 건축의 조형미가 빼어난 건축물로 손꼽히며 광복 후에 대한민국 우표의 도안으로 사용되었다.
(5) 경충재景忠齎
제70대 통제사 최 숙이 재유사齋有司(관리자)를 두고 지방 청소년들에게 학문과 충의를 교육하기 위하여 1695년에 건립한 강당으로 충렬서원이라 불렀다. 1865년, 1867년 두 번에 걸친 대원군의 서원철폐 때에도 이순신 사당 가운데 유일하게 존속된 유서 깊은 서원이다.
(6) 숭무당崇武堂
통제영에서 파견한 장교 3명이 상주하면서 사우祠宇와 위토전답을 관리하던 곳이다
(7) 중문中門
외삼문과 내삼문의 사이에 있는 가운데 문으로 안으로 들어서면 동재와 서재가 있다.
(8) 동재東齋
향사를 앞두고 헌관獻官과 집사執事들이 미리 여기에서 몸과 마음을 깨끗이 하고 제복을 차려입는 곳이다. 제51대 통제사 김 경이 맞은편의 서재와 함께 1670년에 건립하였다. 동·서재의 마당을 중정中庭(가운데 뜰)이라 하는데 매년 4월 28일 탄신제 때에는 여기에서 승전무(국가무형문화재 제21호)가 헌무獻舞된다.
(9) 서재西齋
향사에 쓰이는 제물을 장만하고 제기祭器와 제구祭具를 보관하는 곳이다.
(10) 내삼문內三門
정당의 출입문으로 삼문 중 가장 안쪽의 문이다. 솟을삼문으로 신문神門의 양쪽 초석을 해태로 조각하고 안팎에 활주(버팀 기둥)8개로 지붕의 무게를 받혔는데 각 활주 아래의 석자는 8각 돌기둥이다. 통용문인 양쪽 협문夾門을 낮게 만든것은 몸을 낮추고 삼가는 몸가짐으로 출입하기 위함이다.
(11) 정당正堂
충무공 이순신 장군의 영령에 제사 올리고 공의 정신과 위훈을 만대萬代에 기리기 위하여 제7대 통제사 이운룡李雲龍이 선조宣祖의 명을 받아 세웠다. 이충무공 한 분의 위패를 모시고 역대 통제사가 약 300년간 제사를 받들어 온 가장 신성한장소이다. 정면 3칸, 측면 2칸의 목조 맞배지붕으로 1606년에 창건하였는데 정당의 후원은 충절을 상징하는 대나무 숲으로 둘러싸여 있고 기와지붕의 용마루에 새긴 주역周易 팔괘八卦는음양의 조화造化와 만물이 화생化生하는 역易의 원리를담고 있으며 제의祭儀는 정통 유교의 법식을 고수한다. 1895년 통제영이 폐영되어 관급官給이 끊어지고, 경술국치庚戌國恥(1910)를 당하여 제사를 받드는 주체가 없어지자, 이곳 지방민들이 기미년 독립 만세운동(1919)을 계기로 충렬사 영구보존회((재)통영충렬사의 전신)를 결성하여 제향의 맥을 이어왔으나 일제강점기에는 왜경이 장군의 위패를 칼로 부수고, 삼문의 태극문양에 덧칠하여 일장기日章旗로 바꾸고 또 제사를 올리지 못하도록 정당에 못질하는 수난을 겪기도 하였다. 1945년 광복을 맞아 이승만, 임시정부의 백범 김구 선생을 필두로 송진우, 여운형, 신익희 등 많은 광복 지사들이 환국 참배하여 건국의 결의를 다진 유서 깊은 사당이다. 정당을 향하여 중앙 좌측의 주련은 욕일보천浴日補天이며 명나라 진린陳璘 도독이 이충무공을 찬양한 어록의 한 구절인 “욕일보천지공 浴日補天之功(해를 씻어 빛나게 하고 하늘의 구멍을 메운 큰 공)”에서, 우측의 주련은 맹산서해盟山誓海이며 이충무공께서 임전결의臨戰缺意한“서해어룡동誓海魚龍動 맹산초목지盟山草木知”에서 따온 것으로 조선 고종 조의 명신이자 예서체의 대가인 제187대 통제사 신관호申觀浩의 휘필이다.